隐孢子虫最早在牛上感染的报道是1970年之后，目前已有超过30种不同亚种被发现，很多都是人畜共患，被认为是多次造成世界各国畜牧业乃至人类爆发性腹泻感染的元凶之一（微小隐孢子虫几乎可以感染任何动物）。

感染奶牛的主要包括四种(C. andersoni, C. bovis, C. parvum, C. ryanae)，其中微小隐孢子虫（C.parvum）仅感染新生一周以内的犊牛。发病迅速，传播极快，犊牛迅速脱水，处理不及时很容易造成死亡，并且也很容易引发继发感染。

在国外兽医论坛统计里，微小隐孢子虫大有代替轮状病毒成为新生犊牛腹泻的第一大威胁，借鉴国内川大的一份研究综述，统计了在国内2016年之前的牛感染隐孢子虫所有文献，综合的微小隐孢子虫发病率高达19.5%左右。